Янчжоу университет предлагает 116 программ бакалавриата, в том числе:

• Агрономия,
• Сельское региональное развитие,
• Прикладная химия,
• Химическая инженерия и переработка,
• Медицинская инженерия,
• Полимерное материаловедение и инженерия,
• Клиническая медицина,
• Традиционная китайская медицина,
• Комбинированная китайско-западная медицина,
• Базовые медицинские науки,
• Фармацевтика.

В ВУЗе реализуется 44 магистерские программы первого уровня, среди которых 3 ключевые государственные дисциплины. Университет наиболее компетентен в 4 дисциплинах, а именно: химия, науки о растениях и животных, инженерные и сельскохозяйственные науки, которые заняли первое место в рейтинге ESI среди университетов и научно-исследовательских институтов мира. Всего в университете 141 магистерская программа, в числе которых:

• Система выращивания сельскохозяйственных культур,
• Генетика и селекция сельскохозяйственных культур,

• Биотехнология растений,
• Агропродовольственная безопасность и окружающая среда,
• Агроинформационные технологии,
• Развитие регионального сельского хозяйства,
• Аналитическая химия,
• Учебная программа и методика преподавания,
• Образовательная экономика и менеджмент,
• Прикладная психология,
• Прикладная химия,
• Биохимическая инженерия,
• Химия и физика макромолекул,
• Неорганическая химия,
• Промышленный катализ.

УЯ располагает 14 постдокторскими мобильными станциями и 11 докторскими программами первого уровня, среди которых:

• Генетика и разведение животных,
• Питание и кормопроизводство животных,
• Кормопроизводство,
• Древнекитайская литература,
• Наука о разведении специальных животных,
• Биология развития животных,
• Животноводство и экологический контроль,
• Продукты животного происхождения.